Die Schützenfahne ist das repräsentative Symbol des Vereins. Bei allen feierlichen Anlässen wie Schützenfeste oder auswärtigen Auftritten, aber auch bei Beerdigungen verstorbener Vereinsmitglieder oder zur Fronleichnamsprozession ist die Fahne mit ihren Offizieren anwesend und repräsentiert somit die Schützenbruderschaft Stukenbrock. Daher genießt unsere Fahne eine ganz besondere Wertschätzung.
Fahnen dienten in den Anfängen als Zeichen einer Gruppe oder Vereinigung dazu, militärische Verbände zu unterscheiden. Im Laufe der Zeit gewannen sie an Symbolwert, und dies nicht nur im hoheitlichen Bereich, sondern auch in vielen anderen Bereichen des Lebens. Die Schützen „zeigen Flagge“ bei ihren Festen und auch bei kirchlichen Feiern. Auch die Schützen werden durch ihr „Schützenleben“ von der Fahne begleitet, nicht nur bei den Festen der Bruderschaft. Den aktiven Schützen gibt unsere Schützenfahne auch das letzte Weggeleit. Die Mitglieder sollen, wenn eben möglich, am Begräbnis und der Totenmesse eines aktiven Mitgliedes in Uniform, unter Voranführung der Bruderschaftsfahne, teilnehmen.
Verantwortlich für die Fahnen sind unsere Fahnenoffiziere. Drei Fahnenoffiziere bilden gemeinsam die sog. Fahnenabordnung. Sie sind für die Verwahrung und Pflege sowie das Mitführen der Schützenfahne bei offiziellen Anlässen, bei denen Uniform getragen wird, zuständig. Der Fahnenoffiziere sorgen für die rechtzeitige und vollständige Bereitstellung der Schützenfahne. Bei den Gottesdiensten nimmt die Fahnenabordnung rechts vom Altar Aufstellung.
Die St. Johannes Schützenbruderschaft führt seit 2015 eine neue Fahne. Die Fahnenweihe wurde in der Messe vor der Generalversammlung am 23. Januar durchgeführt. Sie zeigt auf der einen Seite das Abbild des Heiligen Johannes des Täufers, dem Schutzpatron unserer Bruderschaft und Pfarrgemeinde auf grüner Seide. Die Figur wird umgeben von dem Namenszug St. Johannes – und den Idealen der Bruderschaft: Glaube, Sitte, Heimat. Die Motive links und rechts zeigen die Pfarrkirche St. Johannes Baptist sowie die Brinkkapelle zur Verdeutlichung der engen Verbundenheit unserer Schützenbruderschaft mit der Kirche. Die Fahne ist von goldenen Fransen eingefaßt.